他曾參與1777年10月17日薩拉托加戰役中英國軍隊的投降，這場戰役扭轉了美國獨立戰爭的戰局，並確保了法國對其事業的支持。他親眼目睹了英國軍隊在歷史上首次向另一個國家投降的場景。在戰鬥中，他的右腿遭受重傷，導致他終身跛行，且一隻腿比另一隻短兩英吋。
不到一年後，他在傷勢痊癒後，獲喬治·華盛頓將軍任命為大陸軍南方戰區司令，負責對抗由亨利·克林頓將軍和查爾斯·康沃利斯將軍指揮的英軍。 1780年3月，他接掌南卡羅來納州查爾斯鎮的駐軍指揮權。由於兵力與資源不足，又被龐大的英軍包圍，且防禦工事遭受數週的砲擊，班傑明·林肯將軍經歷了他在戰爭中的第二次投降——這次是他自己所率領的軍隊投降。
英國獲勝的關鍵在於康沃利斯部隊沿庫珀河的戰略性抵達與佈防，此舉切斷了林肯部隊唯一的陸路撤退路線，使其既無法獲得增援，也無法撤退。 1780年5月12日，林肯投降，導致超過5,000名美軍士兵、300門以上大砲、6,000支火槍以及大量火藥被俘獲。與此同時，他設法協助南卡羅來納民兵及部分大陸軍部隊脫逃，這進一步激怒了早已要求無條件投降的英軍。
南方軍在查爾斯鎮的敗仗，是美國獨立戰爭期間大陸軍所遭受的最慘重挫敗。 雪上加霜的是，英軍拒絕給予林肯及其部隊「戰爭榮譽」——這是一套傳統特權，旨在尊重戰敗軍隊的英勇氣概。這些特權通常包括允許投降部隊在旗幟飄揚、鼓聲震天、刺刀上膛的狀態下列隊行出，隨後才以有尊嚴的方式放下武器，並在軍樂隊的伴奏下獲准以誓言獲釋或進行戰俘交換。軍官則被允許保留自己的配槍及個人物品。
亨利·克林頓爵士明確拒絕給予林肯及美軍這些榮譽。相反地，林肯的士兵不被允許在展示軍旗或敲擊戰鼓的情況下列隊撤離，而是被迫以戰俘身分投降。據報導，當美軍交出武器時，英軍士兵對他們嗤之以鼻。被俘的大陸軍軍旗遭沒收，而美軍士兵也未能獲得通常因英勇防守所應得的儀式性表彰。
數月後，林肯被交換釋放，換回兩名英國將領；到了1781年夏天，他已指揮大陸軍三個師中的其中一個師，該軍在法國遠征軍的增援下向南進軍——這支遠征軍於7月中旬在 讓-巴蒂斯特·多納蒂安·德·維穆爾，羅尚博伯爵的率領下，於七月中旬抵達羅德島州紐波特。聯軍在南下途中持續集結增援部隊，並將戰略目標鎖定於維吉尼亞州約克鎮的英軍營地。
約克鎮圍城戰於9月28日展開。正如林肯在查爾斯鎮的處境，康沃利斯發現自己和軍隊被包圍，毫無逃脫的希望——此時英國艦隊已控制了約克河及通往大海的航道。到了10月中旬，戰事已告終結。康沃利斯於10月17日簽署了投降令，這天正好是美軍在薩拉托加取得歷史性勝利四週年之日。
按照慣例，康沃利斯要求獲得戰俘應有的待遇。然而，華盛頓憶起林肯在查爾斯鎮所遭受的待遇，回應道，康沃利斯率領的投降軍隊將獲得「與查爾斯鎮守軍所獲待遇相同的待遇……」。
10月19日，約克鎮的正式投降儀式標誌著美國獨立戰爭主要戰鬥的非正式結束。康沃利斯將軍以生病為由未出席，而是派查爾斯·奧哈拉准將代為出席。美法聯軍排成兩列，綿延超過一英里。 法國士兵身著完整的軍裝，美國士兵則穿著各式各樣的服裝，包括鹿皮衣和粗布衣。英國士兵在兩列隊伍之間行進，旗幟收進旗套中，拒絕注視這群衣著雜亂的美國人，而是將目光投向地面或法國方面。 據傳說，著名的法國將領拉法葉侯爵因這份不敬之舉而憤慨不已，遂下令笛鼓隊演奏《揚基杜德爾》，這突如其來的樂聲震驚了英國士兵，迫使他們轉身面對愛國者勝利者。許多人以悶悶不樂的譴責態度，猛然將武器拋在地上，而非以井然有序且有尊嚴的方式交出武器。
奧哈拉走向羅尚博，並非要正式交出自己的佩劍，而是要交出康沃利斯的佩劍。羅尚博出於對華盛頓的敬意，將奧哈拉引向華盛頓；華盛頓隨即向班傑明·林肯示意。林肯將有此榮幸，接過這柄象徵投降的佩劍。
八年後，美國人將參與根據剛經批准的憲法舉行首屆總統選舉。六十九位選舉人將各投兩張選票，每張票分別投給不同的人選。得票數最高的兩人將分別當選總統與副總統。六十九位選舉人投下選票。喬治·華盛頓獲得六十九票，成為我國首任總統；約翰·亞當斯獲得三十四票，當選副總統；另有十二人至少獲得一票。 班傑明·林肯便是其中之一。
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